| 部局等名 | 部局運用管理責任者 |
| 学術研究推進機構 | 研究推進部研究推進課長 |
| 大学教育推進機構 | 学務部学務課長 |
| 国際連携推進機構 | 企画部国際連携課長 |
| デジタルバイオ・ライフサイエンスリサーチパーク推進機構 | 研究推進部DBLR推進室長 |
| 人文学研究科及び文理農等キャンパス事務部人文学研究科事務課 | 文理農等キャンパス事務部人文学研究科事務課長 |
| 国際人間科学部，国際文化学研究科及び人間発達環境学研究科 | 国際人間科学部事務部長 |
| 法学研究科及び社会科学系事務部法学研究科事務課 | 社会科学系事務部法学研究科事務課長 |
| 経済学研究科及び社会科学系事務部経済学研究科事務課 | 社会科学系事務部経済学研究科事務課長 |
| 経営学研究科及び社会科学系事務部経営学研究科事務課 | 社会科学系事務部経営学研究科事務課長 |
| 理学研究科及び文理農等キャンパス事務部理学研究科事務課 | 文理農等キャンパス事務部理学研究科事務課長 |
| 医学部及び医学研究科 | 医学部事務部長 |
| 保健学研究科 | 保健学研究科事務長 |
| 工学研究科 | 工・システム事務部長 |
| システム情報学研究科 |
| 農学研究科及び文理農等キャンパス事務部農学研究科事務課 | 文理農等キャンパス事務部農学研究科事務課長 |
| 海事科学研究科 | 海事科学研究科事務長 |
| 国際協力研究科及び社会科学系事務部国際協力研究科事務課 | 社会科学系事務部国際協力研究科事務課長 |
科学技術イノベーション研究科及び文理農等キャンパス事務部科学技術イノベーション研究科事務課
| 文理農等キャンパス事務部科学技術イノベーション研究科事務課長
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| 高等学術研究院 | 研究推進部研究推進課長 |
| 経済経営研究所及び社会科学系事務部経済経営研究所事務課 | 社会科学系事務部経済経営研究所事務課長 |
| 附属図書館 | 附属図書館事務部長 |
| 医学部附属病院 | 医学部事務部長 |
| 附属学校部 | 附属学校部事務長 |
| 附属中等教育学校 |
| 明石地区附属学校 |
| 附属特別支援学校 |
| バイオシグナル総合研究センター | 文理農等キャンパス事務部科学技術イノベーション研究科事務課長
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| 内海域環境教育研究センター | 文理農等キャンパス事務部理学研究科事務課長 |
| 都市安全研究センター | 工・システム事務部長 |
| 分子フォトサイエンス研究センター | 文理農等キャンパス事務部理学研究科事務課長 |
| 海洋底探査センター | 海事科学研究科事務長 |
| 社会システムイノベーションセンター | 事務を処理する事務課の長 |
| 数理・データサイエンスセンター | 学務部学際教育課長 |
| 計算社会科学研究センター | 社会科学系事務部経済経営研究所事務課長 |
| 先端バイオ工学研究センター | 文理農等キャンパス事務部科学技術イノベーション研究科事務課長 |
| 先端膜工学研究センター | 工・システム事務部長 |
| 未来医工学研究開発センター | 医学部事務部長 |
| 農学研究科附属食資源教育研究センター | 文理農等キャンパス事務部農学研究科事務課長 |
| 次世代光散乱イメージング科学研究センター | 工・システム事務部長 |
| 研究基盤センター | 研究推進部研究推進課長 |
| 環境保全推進センター | 施設部施設企画課長 |
| キャリアセンター | 学務部学生支援課長 |
| 高大接続卓越グローバル人材育成センター | 学務部入試課長 |
| インクルーシブキャンパス&ヘルスケアセンター | 学務部学生支援課長 |
| ウェルビーイング先端研究センター | 事務を処理する事務部の長 |
| 水素・未来エネルギー技術研究センター | 海事科学研究科事務長 |
| DX・情報統括本部 | 情報推進課長 |
| 戦略企画室，産官学連携本部，地域連携推進本部，カーボンニュートラル推進本部，ウェルビーイング推進本部及び国立大学法人神戸大学学則（平成16年4月1日制定）第18条第1項の規定により設置される室 | 事務を処理する部の長 |
| 事務局各部 | 各部長 |
| 監査室及び内部統制室 | 総務部長 |