| 学術・社会共創機構 | 学術研究・社会共創推進部研究管理課(学術基盤部門，共創事業部門，社会共創部門，自然科学系教育研究推進委員会所掌業務を除く。) | 学術研究・社会共創推進部研究管理課長(学術基盤部門，共創事業部門，社会共創部門，自然科学系教育研究推進委員会所掌業務を除く。) |
| 学術研究・社会共創推進部研究推進課(学術基盤部門及び共創事業部門） | 学術研究・社会共創推進部研究推進課長(学術基盤部門及び共創事業部門） |
| 学術研究・社会共創推進部社会共創課(社会共創部門) | 学術研究・社会共創推進部研社会共創課長(社会共創部門) |
| 文理農等キャンパス事務部科学技術イノベーション研究科事務課(自然科学系教育研究推進委員会所掌業務) | 文理農等キャンパス事務部科学技術イノベーション研究科事務課長(自然科学系教育研究推進委員会所掌業務) |
| 高等教育推進機構 | 学務部学務課(グローバルエンゲージメントセンター，みらい開拓人材育成センター，学生センター及びキャリアセンターを除く。) | 学務部学務課長(グローバルエンゲージメントセンター，みらい開拓人材育成センター，学生センター及びキャリアセンターを除く。) |
| 学務部国際課(グローバルエンゲージメントセンター) | 学務部国際課長(グローバルエンゲージメントセンター) |
| 学務部学際教育課(みらい開拓人材育成センター) | 学務部学際教育課長(みらい開拓人材育成センター) |
| 学務部学生支援課(学生センター及びキャリアセンター) | 学務部学生支援課長(学生センター及びキャリアセンター) |
| デジタルバイオ・ライフサイエンスリサーチパーク推進機構 | 学術研究・社会共創推進部研究管理課(神戸バイオテクノロジー研究・人材育成センター及び統合研究拠点) | 学術研究・社会共創推進部研究管理課長(神戸バイオテクノロジー研究・人材育成センター及び統合研究拠点) |
| 学術研究・社会共創推進部研究推進課(神戸バイオテクノロジー研究・人材育成センター及び統合研究拠点を除く。) | 学術研究・社会共創推進部研究推進課長(神戸バイオテクノロジー研究・人材育成センター及び統合研究拠点を除く。） |
| 国際人間科学部 | 国際人間科学部事務部 | 国際人間科学部事務部長 |
| 人文学研究科 | 文理農等キャンパス事務部人文学研究科事務課 | 文理農等キャンパス事務部人文学研究科事務課長 |
| 国際文化学研究科 | 国際人間科学部事務部 | 国際人間科学部事務部長 |
| 人間発達環境学研究科 |
| 法学研究科 | 法学研究科事務部 | 法学研究科事務長 |
| 経済学研究科 | 経営学研究科事務部 | 経営学研究科事務長 |
| 経営学研究科 | 経営学研究科事務部 | 経営学研究科事務長 |
| 理学研究科 | 文理農等キャンパス事務部理学研究科事務課 | 文理農等キャンパス事務部理学研究科事務課長 |
| 医学系研究科(楠地区) | 医学部事務部(名谷キャンパス事務課を除く。) | 医学部事務部長(名谷キャンパス事務課を除く。) |
| 医学系研究科(名谷地区) | 医学部事務部名谷キャンパス事務課 | 医学部事務部名谷キャンパス事務課長 |
| 工学研究科 | 工・システム事務部 | 工・システム事務部長 |
| システム情報学研究科 | 工・システム事務部(計算科学教育研究センターを除く。) | 工・システム事務部長(計算科学教育研究センターを除く。) |
| 学術研究・社会共創推進部研究管理課(計算科学教育研究センター) | 学術研究・社会共創推進部研究管理課長(計算科学教育研究センター) |
| 農学研究科 | 文理農等キャンパス事務部農学研究科事務課 | 文理農等キャンパス事務部農学研究科事務課長 |
| 海事科学研究科 | 海事科学研究科事務部 | 海事科学研究科事務長 |
| 国際協力研究科 | 国際協力研究科事務課 | 国際協力研究科事務長 |
| 科学技術イノベーション研究科 | 文理農等キャンパス事務部科学技術イノベーション研究科事務課 | 文理農等キャンパス事務部科学技術イノベーション研究科事務課長 |
| 高等学術研究院 | 学術研究・社会共創推進部研究推進課 | 学術研究・社会共創推進部研究推進課長 |
| 経済経営研究所 | 経済経営研究所事務課 | 経済経営研究所事務長 |
| 附属図書館 | 附属図書館事務部 | 附属図書館事務部長 |
| 医学部附属病院 | 医学部事務部(名谷キャンパス事務課を除く。) | 医学部事務部長(名谷キャンパス事務課を除く。) |
| 附属学校部 | 附属学校部事務部 | 附属学校部事務長 |
| 附属中等教育学校 |
| 明石地区附属学校 |
| 附属特別支援学校 |
| バリュースクール | 学務部学際教育課 | 学務部学際教育課長 |
| バイオシグナル総合研究センター | 文理農等キャンパス事務部科学技術イノベーション研究科事務課 | 文理農等キャンパス事務部科学技術イノベーション研究科事務課長 |
| 内海域環境教育研究センター | 文理農等キャンパス事務部理学研究科事務課 | 文理農等キャンパス事務部理学研究科事務課長 |
| 都市安全研究センター | 工・システム事務部 | 工・システム事務部長 |
| 海洋底探査センター | 海事科学研究科事務部 | 海事科学研究科事務長 |
| 社会システムイノベーションセンター | 法学研究科事務部，経済学研究科事務部，経営学研究科事務部，国際協力研究科事務部又は経済経営研究所事務部のうち，センターの事務を行う事務部 | 左記事務部の事務長 |
| 数理・データサイエンスセンター | 学務部学際教育課 | 学務部学際教育課長 |
| 計算社会科学研究センター | 経済経営研究所事務課 | 経済経営研究所事務長 |
| 先端バイオ工学研究センター | 文理農等キャンパス事務部科学技術イノベーション研究科事務課 | 文理農等キャンパス事務部科学技術イノベーション研究科事務課長 |
| 先端膜工学研究センター | 工・システム事務部 | 工・システム事務部長 |
| 未来医工学研究開発センター | 医学部事務部(名谷キャンパス事務課を除く。) | 医学部事務部長(名谷キャンパス事務課を除く。) |
| ウェルビーイング先端研究センター | 国際人間科学部鶴甲第二キャンパス事務課及び医学部事務部名谷キャンパス事務課(以下「事務課等」という。)のうち，センター長が所属する学域の事務をつかさどる事務課等 | 左記事務課等の長 |
| 水素・未来エネルギー技術研究センター | 海事科学研究科事務部 | 海事科学研究科事務長 |
| 国際コミュニケーションセンター | 学務部学務課 | 学務部学務課長 |
| ライフ光学イノベーション研究センター | 文理農等キャンパス事務部理学研究科事務課(光クリエーティブ部門を除く。) | 文理農等キャンパス事務部理学研究科事務課長(光クリエーティブ部門を除く。) |
| 工・システム事務部(光クリエーティブ部門) | 工・システム事務部長(光クリエーティブ部門) |
| 農学研究科附属食資源教育研究センター | 文理農等キャンパス事務部農学研究科事務課センター事務室 | 文理農等キャンパス事務部農学研究科事務課センター事務室長 |
| 環境保全推進センター | 施設部施設企画課 | 施設部施設企画課長 |
| インクルーシブキャンパス&ヘルスケアセンター | 学務部学生支援課(ジェンダー平等推進部門を除く。) | 学務部学生支援課長(ジェンダー平等推進部門を除く。) |
| 総務部労務課(ジェンダー平等推進部門) | 総務部労務課長(ジェンダー平等推進部門) |
| アドミッションオフィス | 学務部入試課 | 学務部入試課長 |
| 国際共創推進本部 | 学務部国際課 | 学務部国際課長 |
| 地域連携推進本部 | 学術研究・社会共創推進部社会共創課 | 学術研究・社会共創推進部社会共創課長 |
| DX・情報統括本部 | 情報推進課 | 情報推進課長 |
| カーボンニュートラル推進本部 | 施設部施設企画課 | 施設部施設企画長 |
| ウェルビーイング推進本部 | 学術研究・社会共創推進部社会共創課 | 学術研究・社会共創推進部社会共創課長 |
| 事務局（戦略企画室，監査室，内部統制室，安全保障輸出管理室及び安全衛生・環境管理統括室を含む。） | 事務局 | 財務部長 |