| 学術研究推進機構 | 研究推進部研究推進課(自然科学系教育研究推進委員会所掌業務を除く。) | 研究推進部研究推進課長(自然科学系教育研究推進委員会所掌業務を除く。) |
| 文理農等キャンパス事務部科学技術イノベーション研究科事務課(自然科学系教育研究推進委員会所掌業務) | 文理農等キャンパス事務部科学技術イノベーション研究科事務課長(自然科学系教育研究推進委員会所掌業務) |
| 大学教育推進機構 | 学務部学務課(グローバル教育センター，異分野共創型教育開発センター，みらい開拓人材育成センターを除く。) | 学務部学務課長(グローバル教育センター，異分野共創型教育開発センター，みらい開拓人材育成センターを除く。) |
| 学務部国際交流課(グローバル教育センター) | 学務部国際交流課長(グローバル教育センター) |
| 学務部学際教育課(異分野共創型教育開発センター) | 学務部学際教育課長(異分野共創型教育開発センター) |
| 学務部入試課(みらい開拓人材育成センター) | 学務部入試課長(みらい開拓人材育成センター) |
| 国際連携推進機構 | 企画部国際連携課 | 企画部国際連携課長 |
| デジタルバイオ・ライフサイエンスリサーチパーク推進機構 | 研究推進部DBLR推進室 | 研究推進部DBLR推進室長 |
| 国際人間科学部 | 国際人間科学部事務部 | 国際人間科学部事務部長 |
| 人文学研究科 | 文理農等キャンパス事務部人文学研究科事務課 | 文理農等キャンパス事務部人文学研究科事務課長 |
| 国際文化学研究科 | 国際人間科学部事務部 | 国際人間科学部事務部長 |
| 人間発達環境学研究科 |
| 法学研究科 | 社会科学系事務部法学研究科事務課 | 社会科学系事務部法学研究科事務課長 |
| 経済学研究科 | 社会科学系事務部経営学研究科事務課 | 社会科学系事務部経営学研究科事務課長 |
| 経営学研究科 | 社会科学系事務部経営学研究科事務課 | 社会科学系事務部経営学研究科事務課長 |
| 理学研究科 | 文理農等キャンパス事務部理学研究科事務課 | 文理農等キャンパス事務部理学研究科事務課長 |
| 医学研究科 | 医学部事務部 | 医学部事務部長 |
| 保健学研究科 | 保健学研究科事務部 | 保健学研究科事務長 |
| 工学研究科 | 工・システム事務部 | 工・システム事務部長 |
| システム情報学研究科 | 工・システム事務部(計算科学教育研究センターを除く。) | 工・システム事務部長(計算科学教育研究センターを除く。) |
| 研究推進部DBLR推進室(計算科学教育研究センター) | 研究推進部DBLR推進室長(計算科学教育研究センター) |
| 農学研究科 | 文理農等キャンパス事務部農学研究科事務課 | 文理農等キャンパス事務部農学研究科事務課長 |
| 海事科学研究科 | 海事科学研究科事務部 | 海事科学研究科事務長 |
| 国際協力研究科 | 社会科学系事務部国際協力研究科事務課 | 社会科学系事務部国際協力研究科事務課長 |
| 科学技術イノベーション研究科 | 文理農等キャンパス事務部科学技術イノベーション研究科事務課 | 文理農等キャンパス事務部科学技術イノベーション研究科事務課長 |
| 高等学術研究院 | 研究推進部研究推進課 | 研究推進部研究推進課長 |
| 経済経営研究所 | 社会科学系事務部経済経営研究所事務課 | 社会科学系事務部経済経営研究所事務課長 |
| 附属図書館 | 附属図書館事務部 | 附属図書館事務部長 |
| 医学部附属病院 | 医学部事務部 | 医学部事務部長 |
| 附属学校部 | 附属学校部事務部 | 附属学校部事務長 |
| 附属中等教育学校 |
| 明石地区附属学校 |
| 附属特別支援学校 |
| バリュースクール | 学務部学際教育課 | 学務部学際教育課長 |
| バイオシグナル総合研究センター | 文理農等キャンパス事務部科学技術イノベーション研究科事務課 | 文理農等キャンパス事務部科学技術イノベーション研究科事務課長 |
| 内海域環境教育研究センター | 文理農等キャンパス事務部理学研究科事務課 | 文理農等キャンパス事務部理学研究科事務課長 |
| 都市安全研究センター | 工・システム事務部 | 工・システム事務部長 |
| 分子フォトサイエンス研究センター | 文理農等キャンパス事務部理学研究科事務課 | 文理農等キャンパス事務部理学研究科事務課長 |
| 海洋底探査センター | 海事科学研究科事務部 | 海事科学研究科事務長 |
| 社会システムイノベーションセンター | 社会科学系事務部のうち，センターの事務を行う事務課 | 左記事務課の長 |
| 数理・データサイエンスセンター | 学務部学際教育課 | 学務部学際教育課長 |
| 計算社会科学研究センター | 社会科学系事務部経済経営研究所事務課 | 社会科学系事務部経済経営研究所事務課長 |
| 先端バイオ工学研究センター | 文理農等キャンパス事務部科学技術イノベーション研究科事務課 | 文理農等キャンパス事務部科学技術イノベーション研究科事務課長 |
| 先端膜工学研究センター | 工・システム事務部 | 工・システム事務部長 |
| 未来医工学研究開発センター | 医学部事務部 | 医学部事務部長 |
| 次世代光散乱イメージング科学研究センター | 工・システム事務部 | 工・システム事務部長 |
| ウェルビーイング先端研究センター | 国際人間科学部鶴甲第二キャンパス事務課及び保健学研究科事務部(以下「事務課等」という。)のうち，センター長が所属する学域の事務をつかさどる事務課等 | 左記事務課等の長 |
| 水素・未来エネルギー技術研究センター | 海事科学研究科事務部 | 海事科学研究科事務長 |
| 農学研究科附属食資源教育研究センター | 文理農等キャンパス事務部農学研究科事務課センター事務室 | 文理農等キャンパス事務部農学研究科事務課センター事務室長 |
| 研究基盤センター | 研究推進部研究推進課 | 研究推進部研究推進課長 |
| 環境保全推進センター | 施設部施設企画課 | 施設部施設企画課長 |
| インクルーシブキャンパス&ヘルスケアセンター | 学務部学生支援課 | 学務部学生支援課長 |
| キャリアセンター | 学務部学生支援課 | 学務部学生支援課長 |
| 産官学連携本部 | 研究推進部連携推進課 | 研究推進部連携推進課長 |
| 地域連携推進本部 | 研究推進部連携推進課 | 研究推進部連携推進課長 |
| DX・情報統括本部 | 情報推進課 | 情報推進課長 |
| カーボンニュートラル推進本部 | 施設部施設企画課 | 施設部施設企画長 |
| ウェルビーイング推進本部 | 研究推進部連携推進課 | 研究推進部連携推進課長 |
| 事務局（戦略企画室，監査室，内部統制室，安全保障輸出管理室及び安全衛生・環境管理統括室を含む。） | 事務局 | 財務部長 |